母公司和子公司是根据公司间的股权投资关系划分，母公司，又称控制公司，指对其投资的公司具有控制力，子公司，又称从属公司，指接受母公司投资并被母公司控制的公司。而公司分总公司与分公司以公司组织管辖系统为依据。所谓总公司，双称本公司，指依法首先设立的公司本体，分公司指接受总公司管辖的分支机构。
我国公司法第14条规定，公司设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，独立承担民事责任。
重庆法律服务网廖正远律师研读相关法律法规，参考刘俊海教授编著的《现代公司法》，比较分公司和子公司，总结了以下五点主要区别：
第一，法律人格不同。如公司法第14条规定。
第二，行为能力不同。子公司可以独立对外缔结法律关系，以自己的全部财产独立承担债务清偿法律责任。而分公司原则上仅能根据总公司授权对外与第三人缔结法律关系，对自己经营活动的债务亦不能以总公司划拨的财产为限承担清偿责任。如，担保法第10条规定企业法人的分支机构不得为保证人，除非法人书面授权。担保法第29条规定，企业法人分支机构（即分公司等）未经法人书面授权或者超出授权范围与债权人订立保证合同的，该合同无效或超出部分无效。债权人和企业法人有过错的，根据过错承担责任，债权人无过错的，企业法人承担责任。
第三、民事责任能力不同。子公司具有独立的民事诉讼主体资格，有独立的民事责任能力。而分公司仅具有民事诉讼能力，无独立的民事责任能力。由于分公司财产是总公司财产的一个组成部分，人民法院或仲裁机构对分公司所作的生效判决书或裁决书对于总公司具有当然的法律约束力。分公司的债权人既可以对分公司提起诉讼，也可以直接对总公司提起诉讼，还可对总公司和分公司同时提起诉讼。
第四，纳税主体不同。子公司是独立的纳税主体。而分公司的经营所得须与总公司及其他分公司的经营所得合并后计算应纳税所得额。
第五，控制程度不同。总公司对分公司的人财特产供销均具有绝对的决策权和控制力，既可以决定分公司负责人的任免，又可决定分公司的经营方向和日常经营活动。而母公司能维持对子公司的人员、财务和业务的高度控制力，但这种控制不得超出法律规定的边界，否则，债务人可援引揭开公司面纱制度请求母公司对子公司的债务承担连带责任。
刘俊海教授打了一个生动的比喻，母子公司之间犹如母亲和儿子的关系，二者为独立的民事主体；而总公司与分公司犹如人与其手脚的关系，分公司并非独立于总公司的独立法律人格。当然，分公司与子公司虽有五点区别，但子公司与分公司也可以相互转化。
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